
Rapfen kommen vornehmlich in grösseren Fliessgewässern wie Donau, Rhein und Elbe etc. vor, allerdings sind sie auch in grösseren Seen anzutreffen. Er reagiert sehr empfindlich auf Verschmutzungen des Gewässers. So waren die Bestände im Rhein fast vollständig verschwunden und erst seit Mitte der 80er Jahre ist er wieder anzutreffen. Rapfen bevorzugen fliessende Gewässerstrecken und rauben vorzugsweise an der Oberfläche. Dies geschieht sehr oft deutlich hörbar, wenn der Räuber bspw. in grosse Laubenschwärme (Ukelei) an der Wasseroberfläche einbricht.
Die Fortpflanzungsperiode des Rapfen dauert von ca. Anfang April bis Anfang/Mitte Juni, bevorzugter Laichgrund sind steinige/kiesige Untergründe.